自動設定
大多數Real-time qPCR儀器會自動設定螢光閾值。 通常，這個閾值是基線的標準差的10倍。
手動設置
用戶可以手動調整閾值線，通常將其放置在擴增曲線的對數期，即螢光訊號明顯增强的階段。 手動設置需要一定的經驗和技巧，通常在指數擴增期的中期或後期。
閾值設定的原則和目的
閾值的設定應高於基線，但足够低，以便控制在擴增曲線的對數期。 這樣設定的目的是確保擴增效率接近2倍，同時避免擴增進入平臺期或線性期，從而保證數據的準確性。
閾值設定對實驗結果的影響
閾值的設定直接影響Ct值。 如果閾值設定得太高，可能會導致數據不準確，進入平臺期或線性期後，擴增效率和其它誤差帶來的數據偏差會新增。 因此，合理的閾值設定對於保證實驗結果的準確性和可重複性至關重要。
閾值
我們在操作軟件時上下拉動的橫線，是决定Ct值的因素之一。
閾值是螢光訊號相對於基線有顯著增强的點，大多數儀器會根據基線平均訊號，自動計算螢光訊號的閾值水准，並設定一個比平均值高10倍的閾值。
也就是說，當基線被正確的設定了，閾值也能手動調整成正確值
典型的擴增曲線可以分成四個時期：基線期，指數期，線性期，平臺期。 
閾值線的概念
閾值線（threshold），相交於擴增曲線的一條水平線，用於確定螢光訊號的閾值（Cycle Threshold，Ct）。
此線可决定樣本的Ct值，所以十分重要！！！
螢光閾值線的設定一般在PCR擴增的指數期，為PCR反應前3-15個迴圈的螢光訊號標準差的10倍。
閾值線的調整原則
一、閾值線應位於擴增曲線的指數增長期中或後部，因為這一區域是樣本重複性最好的部分，能够準確反映PCR擴增的起始點；
二、閾值線要高於陰性對照和基線譟音；
三、最佳的閾值線位置應該是在擴增曲線接近線性和線與線之間相互平行的位置；
四、多重qPCR實驗中，每個靶標或通道都要單獨設定合適的閾值線（不同靶標擴增的訊號大小和指數期的位置會有差異）；
五、閾值線設定過高，Ct值偏大，超過擴增曲線的線性期或平臺期，那麼得到的數據將不準確；
六、閾值線設定過低，Ct值偏小，且有可能受到譟音訊號的干擾。
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Q9600系列是一款高通量即時螢光定量PCR儀，採用側邊螢光採集管道，所有螢光通道同時採集，5S內可完成96個樣本所有螢光通道的檢測，大大節約檢測時間； 自動出倉功能，可與自動化工作站配合使用，工作效率高； PC端操作，一臺電腦可控制多臺儀器，可隨時運行多組實驗； 軟件分析功能强大，可以進行定性/定量分析、HRM、基因分型等。 本產品具有强大的軟件及硬體功能，滿足多場景客戶使用需求。